รากนครา เป็นเรื่องราวของ เจ้าศุขวงศ์ แห่งเมืองเชียงพระคำ เกิดตกหลุมรัก เจ้านางแม้นเมือง หญิงสาวผู้ยึดมั่นรักแผ่นดินและแน่วแน่ในอุดมการณ์ของบรรพบุรุษ ที่ต้องการให้เมืองเชียงเงินได้เป็นเอกราชจากสยาม ซึ่งมีน้องสาวต่างแม่คือ เจ้านางมิ่งหล้า หญิงสาวผู้เอาแต่ใจและอิจฉาริษยาที่พี่สาวมีชายหนุ่มมาตกหลุมรัก เจ้านางมิ่งหล้าจึงวางอุบายดึงเจ้าศุขวงศ์มาใกล้ชิดตัวและวางแผนทำให้เจ้านางแม้นเมืองเข้าใจผิด จนเกิดเป็นรักสามเส้า โศกนาฏกรรมทางความรักจึงอุบัติขึ้น โดยมีแผ่นดินเกิดเป็นเดิมพัน